對Foxmail Server郵件服務器的管理分為“系統管理”和“域管理”兩個層面。在系統管理中進行的設置將對郵件服務器生效，而在域管理中進行的設置僅對選定的域有效。用戶可以通過兩種方式管理郵件服務器，即“登錄WebMail管理頁面”和“登錄本機管理程序”。其中，登錄WebMail管理頁面方式較為便利。

系統管理的權限包括管理郵件服務器、添加或刪除域、更改指定域的管理員口令等，不過在WebMail方式下無法更改指定域的名稱。以登錄系統管理WebMai頁面為例，操作步驟如下所述：
第1步，在客戶計算機中打開Web瀏覽器，在地址欄輸入系統管理WebMail頁面地址（如http://mail.msserver.com.cn/sysadmin）并回車。打開系統管理員登錄頁面，在“密碼”編輯框中輸入事先設置的系統管理員密碼，并單擊“登錄”按鈕。

第2步，打開“Foxmail Server系統管理”頁面，在該頁面中可以修改系統管理員密碼、開啟或關閉用戶自由注冊功能、發送系統廣播郵件等。